L'origine d'Estepona est quelque peu confuse, mais il semble évident que ce sont les Phéniciens qui ont fait du lieu un centre d'échanges commerciaux, ils lui donnèrent le nom de Astapa, Astabbunna ou Alexthebuna.
Quelques historiens mettent en relation Estepona avec le peuple Ibérique de Saldaba, également attribué à Marbella, d'autre font mention de Cilciana comme origine de la ville.
Dans tous les cas au lieu dit le Porrejon, on retrouve des ruines qui sont doute les origines de ce premier peuplement.
Ce qui n'offre aucun doute c'est le passage et la domination des Romains, la ville qui pour maintenir sa loyauté à Carthage, fut assiégée par Lucio Marcio et dut se rendre en l'an 208 avant Jésus Christ.
Plus tard et après les nombreux affrontements entre Musulmans et Chrétiens, (dans les eaux d'Estepona, Alfonso XI livra une bataille historique en 1342, bataille dont il sortit vainqueur.), la ville fit conquise par Enrique IV, sous le mandat duquel fut construit le Castillo de San Luis, duquel on retrouve des vestiges rue Castillo à Estepona.
Avec quelques 600 habitants, Estepona reçut du Roi Felipe V une lettre lui donnant titre de ville indépendante, on retrouve cette lettre dans les archives municipales.
A partir de ce jour Estepona a grandi comme ville jusqu'à sa situation actuelle.
Pour un séjour parfait